در چنین روزی در سال 25 ه ق (644 میلادی ) عثمان بن عفان به عنوان سومین خلیفه مسلمین معرفی شد . خلیفه دوم قبل ازدر گذشت ، شش نفر را که یکی از آنان عثمان بود ، تعیین کرد تا خلیفه بعد از وی را منصوب کنند، که عثمان ابن عفان برمسند خلافت نشست . او در حوزه خلافت به بذل و بخشش های فراوان بیت المال در میان نزدیکان و بویژه خاندان اموی و همچنین توزیع قدرت در میان همین خاندان اقدام کرد. همین امر موجبات اعتراضات گسترده ای را فراهم آورد. به دلیل همین اعمال که مخالف سیره حتی خلفای اول و دوم بود ، معترضان چهل روز خانه وی را در حصار گرفتند در حالی که عثمان نمی توانست از خانه بیرون بیاید. با وساطت امام علی (ع) قرار شد که خلیفه طبق خواسته انقلابیون از جمله ؛ مروان بن حکم را از خود دور و والی مصر را برکنار کند. متاسفانه پس از مد تی وی بر خلاف قرار عمل کرد و نه تنها مروان را به کار گماشت بلکه به والی معزول مصر نوشت که والی تازه یعنی محمد بن ابوبکر را به قتل برساند. این نامه به دست معترضان افتاد و سبب شد که دیگر به قول و قرارهای خلیفه توجهی نکنند . امام علی (ع) که نمی خواست خون خلیفه ریخته شود و با توجه به وساطت های قبلی و عدم وفا به عهد از سوی خلیفه ، با این حال در مقابل مهاجمان ایستاد و امام حسن ع را مامور دفاع از خانه عثمان کرد. اما چند تن از مهاجمان دریکی از شب های ماه ذی الحجه سال 35 هجری به صورت پنهانی وارد خانه خلیفه شدند و وی را در خانه اش به قتل رساندند . گرچه در تاریخ روی اسم خاصی تا کید نشده است ، ولیکن بسیاری متفقند، کشندگان عثمان همان کسانی اند که پیراهن خونین خلیفه را برای رویارویی با امام امیر المومنین علی (ع) علم کرد ند. در حالی که همه مقرند امام تنها فردی بود که از خلیفه سوم در آن موقعیت سخت حمایت به عمل آورد ، نصیحتش و وساطت کرد ، ودر محاصره خانه اش برای وی و اهل خانه آب برد و فرزند ش را در هنگامه هجوم انقلابیون مامور جلوگیری از حمله کرد. در حقیقت اعمال عثمان وی را به قتل رساند . عثمان خانه سنگى محکمى با درهاى چوبى زیبایى در مدینه ساخت و این امر در مقایسه با سیاست های مالى خلیفه دوم ، شگفتى بسیارى را برانگیخته بود. گفتهاند که ابوذر با استناد به آیه کنز سخت بر عثمان مىتاخت. اعتراض عدالت خواهانه این صحابی بزرگ رسول خدا (ص) سبب شد که خلیفه وی را به سرزمین خشک ربذه تبعید کند تا سر انجام همان جا به لقای محبوب نایل شود. مورخین حتی یکی از دلایل مهم شورش بر عثمان را از ناحیه افراد برجسته قبایلى دانستند که با شمشیر، اموالى را براى بیت المال در مجاهدا ت مسلمانان در سرزمین های مختلف بدست آورده بودند و اکنون شاهد بودند که قبیله قریش، بویژه تیره بنى امیه خود را برای تصاحب آن آماده کرده است. درمدت خلافت عثمان ؛ تونس ، قبرس ، و قسمتی از خراسان و طبرستان توسط مسلمانان فتح شد.